A Direção da Escola Superior de Biotecnologia é constituída por uma diretora, Paula Castro, e por quatro diretores adjuntos: Paula Teixeira (Primeiro Ciclo), Manuela Pintado (Investigação), Pedro Rodrigues (Capacitação e Parcerias) e Marta Vasconcelos (Estudos Pós-graduados).

Coordenadores de cada ciclo de estudos:
Coordenadores do 1º e 2º Ciclos - Paula Teixeira & Pedro Rodrigues
Coordenadora do 3º Ciclo - Cristina Silva 
Coordenadora das Pós-graduações - Ana Gomes

Coordenadores e co-coordenadores das licenciaturas e mestrados:
Licenciatura em Bioengenharia - Paula Teixeira & Pedro Rodrigues (coordenadores) e Maria Inês Barbosa (co-coordenadora)
Licenciatura em Microbiologia - Freni Tavaria (cordenadora) e Joana Inês Barbosa (co-coordenadora)
Licenciatura em Ciências da Nutrição - Elisabete Pinto (coordenadora) e Ana Pimenta (co-coordenadora)
Licenciatura em Ciências e Sociedade - Tim Hogg (coordenador) e Raquel Mesquita (co-coordenadora)

Mestrado em Biotecnologia e Inovação - Ana Gomes (coordenadora) e Teresa Brandão (co-coordenadora)
Mestrado em Biotecnologia para a Bioeconomia - Marta Vasconcelos (coordenadora) e João Fernandes (co-coordenador)
Mestrado em Engenharia Alimentar - Cristina Silva (coordenadora) e Catarina Vila Real (co-coordenadora)
Mestrado em Engenharia Biomédica - Ana Oliveira (coordenadora) e João Bebiano Costa (co-coordenador)
Mestrado em Microbiologia Aplicada - Célia Manaia (coordenadora) e Ezequiel Coscueta (co-coordenador)
Mestrado BiFTec - Rui Morais

Coordenadores das Pós-Graduações e Doutoramentos:
Pós-graduação em Segurança Alimentar - Paula Teixeira
Pós-graduação em Enologia - José António Couto
Pós-graduação em Inovação Alimentar - Ana Gomes
Pós-graduação em Nutrição e Envelhecimento - Ana Gomes e Elisabete Pinto
Pós-graduação em Nutrição Pediátrica - Elisabete Pinto e Carla Rêgo (Faculdade de Medicina da Universidade do Porto)
Pós-Graduação em Nutrição, Psicologia e Saúde - Elisabete Pinto e Bárbara César Machado (Faculdade de Educação e Psicologia da Católica Porto)
Pós-graduação em Ciência de Dados em Biotecnologia - Pedro Rodrigues
Pós-graduação em Inovação para Negócios Sustentáveis ​​e Regenerativos - Manuela Pintado, João Pinto (Católica Porto Business School) e António Vasconcelos (Planetiers New Generation)
Pós-graduação em Gestão e Inovação no Setor Agroalimentar - Ana Gomes, João Pinto (Católica Porto Business School)
Pós-Graduação em Nutrição, Endocrinologia & Gestão - Ana Gomes, José Camolas (Hospital de Santa Maria) e Nuno Côrte-Real (Católica Porto Business School) 

Doutoramento em Biotecnologia - António Rangel
Doutoramento em Ciência e Tecnologia Alimentar e Nutrição - Isabel Vasconcelos (coordenação local na ESB) e José Teixeira (coordenação global pela Universidade do Minho)

Outros órgãos de gestão incluem o Conselho Científico - cuja presidência cabe a António Rangel - e o Conselho Pedagógico - liderado por Alcina Bernardo.