A Direção da Escola Superior de Biotecnologia é constituída por uma diretora, Paula Castro, e por quatro diretores adjuntos: Paula Teixeira (Primeiro Ciclo), Manuela Pintado (Investigação), Pedro Rodrigues (Capacitação e Parcerias) e Marta Vasconcelos (Estudos Pós-graduados).
Cada ciclo de estudos conta com um coordenador:
Coordenadora do 1º Ciclo - Paula Teixeira
Coordenadora do 2º Ciclo - Ana Gomes
Coordenadora do 3º Ciclo - Cristina Silva
Além disso, cada Licenciatura, Pós-graduação e Mestrado possui um coordenador específico:
Licenciatura em Bioengenharia - Paula Teixeira & Pedro Rodrigues (co-coordenador)
Licenciatura em Microbiologia - Freni Tavaria
Licenciatura em Ciências da Nutrição - Marta Correia
Licenciatura em Ciências e Sociedade - Tim Hogg
Pós-graduação em Segurança Alimentar - Paula Teixeira
Pós-graduação em Enologia - José António Couto
Pós-graduação em Inovação Alimentar - Ana Gomes
Pós-graduação em Nutrição e Envelhecimento - Ana Gomes e Elisabete Pinto
Pós-graduação em Nutrição Pediátrica - Elisabete Pinto, Ana Gomes e Carla Rêgo
Pós-Graduação em Ciência de Dados em Biotecnologia - Pedro Rodrigues
Pós-Graduação em Innovation for Sustainable & Regenerative Business - Ana Gomes
Mestrado em Biotecnologia e Inovação - Ana Gomes
Mestrado em Engenharia Alimentar - Cristina Silva
Mestrado em Engenharia Biomédica - Ana Oliveira
Mestrado em Microbiologia Aplicada - Célia Manaia
Mestrado BiFTec - Rui Morais
Doutoramento em Biotecnologia - António Rangel
Doutoramento em Ciência e Tecnologia Alimentar e Nutrição - Isabel Vasconcelos (coordenação local na ESB) e José Teixeira (coordenação global pela Universidade do Minho)
Outros órgãos de gestão incluem o Conselho Científico - cuja presidência cabe a António Rangel - e o Conselho Pedagógico - liderado por Alcina Bernardo.
O centro de investigação CBQF (Centro de Biotecnologia e Química Fina) possui direção própria composta por Manuela Pintado (diretora), Marta Vasconcelos (estratégia científica e internacionalização), António Rangel (relações externas e formação pós-graduada), Freni Tavaria (infra-estruturas e plataformas científicas) e João Cortez (financiamento e desenvolvimento de carreiras).