Os laboratórios do CINATE são uma estrutura autónoma da Escola Superior de Biotecnologia e desenvolvem atividade na área da qualidade e segurança alimentar e de embalagem desde 1990. São um parceiro importante para a inovação e apoio analítico do setor alimentar e como interface entre a Universidade e as Empresas. Os trabalhos são realizados segundo elevados padrões de qualidade e com a preocupação de dar sempre a resposta mais económica e eficiente aos clientes. Além de ensaios físico-químicos, microbiológicos, organolépticos e de embalagem, realizam-se estudos de vida-útil, diagnóstico de problemas e pareceres técnicos.
Os laboratórios estão acreditados pela norma NP EN ISO IEC 17025. Os ensaios são realizados com base maioritariamente em normas nacionais e internacionais validadas, mas também usam métodos desenvolvidos e validados internamente. O Sistema de Gestão, Controlo e Garantia da Qualidade é sistematicamente acompanhado através de auditorias da qualidade e através da realização de ensaios com materiais de referência certificados, de culturas de referência e participação regular em ensaios interlaboratoriais. Apresentam-se abaixo as principais atividades.
Ensaios físico-químicos:

- Análise de compostos característicos e indicadores da qualidade
- Composição de alimentos e caracterização nutricional
- Avaliação da conformidade legal e com especificações
- Análise de resíduos e contaminantes
- Pesquisa e doseamento de aditivos alimentares e enológicos
- Pesquisa de alergénios
Ensaios Microbiológicos:

- Caracterização microbiológica de produtos alimentares
- Quantificação de microrganismos indicadores de contaminação
- Pesquisa de microrganismos patogénicos
- Monitorização de higiene de pessoal e instalações
- Validação de processos de desinfeção
Ensaios de avaliação sensorial:
- Caracterização do perfil sensorial de alimentos
- Análise da preferência, aceitação e expetativas do consumidor
- Origem, caracterização e defeitos e desvios organolépticos
Ensaios a embalagens:

- Determinação de propriedades barreira ao oxigénio e vapor de água
- Migração global (EN 1186, FDA e CEN/TS 14234 e 5)
- Migração específica de monómeros residuais, pigmentos e aditivos
- Quantificação de contaminantes e NIAS