A Direção da Escola Superior de Biotecnologia é constituída por uma diretora, Paula Castro, e por quatro diretores adjuntos: Paula Teixeira (Primeiro Ciclo), Manuela Pintado (Investigação), Pedro Rodrigues (Capacitação e Parcerias) e Marta Vasconcelos (Estudos Pós-graduados).

Cada ciclo de estudos conta com um coordenador:

Coordenadora do 1º Ciclo - Paula Teixeira
Coordenadora do 2º Ciclo - Marta Vasconcelos
Coordenadora do 3º Ciclo - Cristina Silva 
Coordenadora das Pós-graduações - Ana Gomes

Além disso, cada Licenciatura, Pós-graduação e Mestrado possui um coordenador na ESB:

Licenciatura em Bioengenharia - Paula Teixeira & Pedro Rodrigues (co-coordenador)
Licenciatura em Microbiologia - Freni Tavaria
Licenciatura em Ciências da Nutrição - Marta Correia
Licenciatura em Ciências e Sociedade - Tim Hogg

Pós-graduação em Segurança Alimentar - Paula Teixeira
Pós-graduação em Enologia - José António Couto
Pós-graduação em Inovação Alimentar - Ana Gomes
Pós-graduação em Nutrição e Envelhecimento - Ana Gomes e Elisabete Pinto
Pós-graduação em Nutrição Pediátrica - Elisabete Pinto e Carla Rêgo (Faculdade de Medicina da Universidade do Porto)
Pós-Graduação em Nutrição, Psicologia e Saúde - Elisabete Pinto e Bárbara César Machado (Faculdade de Educação e Psicologia da Católica Porto)
Pós-graduação em Ciência de Dados em Biotecnologia - Pedro Rodrigues
Pós-graduação em Inovação para Negócios Sustentáveis ​​e Regenerativos - Manuela Pintado, João Pinto (Católica Porto Business School) e António Vasconcelos (Planetiers New Generation)
Pós-graduação em Gestão e Inovação no Setor Agroalimentar - Ana Gomes, João Pinto (Católica Porto Business School)
Pós-Graduação em Nutrição, Endocrinologia & Gestão - Marta Correia, José Camolas (Hospital de Santa Maria) e Nuno Côrte-Real (Católica Porto Business School) 

Mestrado em Biotecnologia e Inovação - Ana Gomes
Mestrado em Engenharia Alimentar - Cristina Silva
Mestrado em Engenharia Biomédica - Ana Oliveira
Mestrado em Microbiologia Aplicada - Célia Manaia
Mestrado BiFTec - Rui Morais

Doutoramento em Biotecnologia - António Rangel
Doutoramento em Ciência e Tecnologia Alimentar e Nutrição - Isabel Vasconcelos (coordenação local na ESB) e José Teixeira (coordenação global pela Universidade do Minho)

Outros órgãos de gestão incluem o Conselho Científico - cuja presidência cabe a António Rangel - e o Conselho Pedagógico - liderado por Alcina Bernardo.