Objetivos e Competências

A unidade pressupõe conhecimentos de base em Microbiologia e visa dar a conhecer e aprofundar diferentes ferramentas transversais ao estudo dos microrganismos.

Objectivos Pedagógicos:

Esta Unidade Curricular pretende oferecer uma perspectiva geral e actual de diferentes abordagens moleculares utilizadas em Microbiologia. Ao percorrer diferentes metodologias e áreas de aplicação, procura-se ainda que os alunos integrem as vertentes convencional e molecular no estudo de microrganismos e que desenvolvam as suas capacidades de análise crítica de informação científica nesta área.

Competência a adquirir

Identificação do potencial uso, aplicações e limitações de diferentes abordagens metodológicas, mediante os resultados ou conclusões pretendidos.
Capacidade para pesquisar e analisar informação relevante e actual no contexto da disciplina da Microbiologia, designadamente em abordagens moleculares.
Desenvolvimento da capacidade para apresentar e discutir dados e informação diversa no contexto da Microbiologia Molecular e dos seus inúmeros campos de aplicação.

Metodologias de ensino

A unidade curricular envolve diferentes componentes:
Sessões T: Discussão sobre algumas das abordagens técnicas mais utilizadas em Microbiologia hoje em dia e a sua aplicabilidade, limitações e custos
Sessões PL: combinação de métodos de cultivo e independentes de cultivo, por exemplo PCR quantitativo, no estudo do efeito de pressões selectivas.
Relatório PL – relatório com um máximo de 2500 palavras, em formato de nota científica e apresentação oral.
Sessões OT: Pesquisa analise e apresentação de artigos de revisão ou de investigação publicados em revistas internacionais com arbitragem, publicado após 2012 (inclusivé) nos temas: Comunidades microbianas; Sequenciação de genomas completos; Mecanismos de patogenicidade; Controlo e regulação da expressão génica; Epidemiologia Molecular
Relato individual da visita de estudo realizada, com reflexão crítica sobre um aspecto, à escolha do estudante, focado na visita.
Testes sumários sobre as técnicas, bioinformática ou jornal club
Casos de estudo – proposta de uma abordagem de investigação na resolução de um problema concreto, máximo de 1000 palavras e 5 páginas; inclusão obrigatória de:  i) um plano de acção com indicação do plano temporal;  ii) avaliação de pontos fortes e de pontos fracos (tempo de resolução 48 horas)

Conteúdos

Aulas Teóricas:

Comunidades microbianas
Sequenciação de genomas completos
Mecanismos de patogenicidade
Controlo e regulação da expressão génica
Epidemiologia Molecular

Aulas Práticas Laboratoriais:

Pesquisa de genes de resistência a antibióticos e de virulência em amostras de águas colhidas pelos estudantes, usando métodos dependentes e independentes de cultivo.
A partir de uma amostra de água (esgoto, ribeiro com presumível contaminação fecal, lago inquinado, outros) isolar microrganismos e pesquisar genes específicos – objectivo: testar a ocorrência de resistência a antibióticos em amostras de água ambiental;

Orientação Tutorial:

Journal club:
Artigos de revisão ou de investigação publicados em revistas internacionais com arbitragem, publicado após 2012 (inclusivé) nos temas: Comunidades microbianas; Sequenciação de genomas completos; Mecanismos de patogenicidade; Controlo e regulação da expressão génica; Epidemiologia Molecular. Cada grupo procede à selecção, estudo e apresentação e discussão por toda a turma de um artigo. Estudo exploratório de um gene:
Seleccionar um gene microbiano e fazer um estudo bioinformático – diversidade; hospedeiros; ecologia; função; outros; Realizar estudo bioinformático e apresentação oral

Seminários:

Dois seminários temáticos, proferidos por jovens investigadores (Pos-Doc) em temas relacionados com análise de metadados de sequências nucleotidicas.