Objetivos e Competências
Esta UC tem como objetivo oferecer aos alunos uma visão geral dos recursos, ferramentas e abordagens utilizadas para analisar e explorar genomas, transcriptomas, proteomas e metagenomas de origem microbiana, em relação à organização, estrutura e função dos genes e proteínas. Principalmente com base na análise computacional, este curso vai contar com o desenvolvimento das capacidades de utilização de plataformas e bases de dados públicos, análise estatística e de sequências de nucleotídeos e de aminoácidos. Os estudos de caso e exercícios práticos serão focados principalmente em estudos da comunidade microbianas, análise estrutural e funcional de metagenomas, montagem de genomas e anotação, transcriptoma e expressão diferencial de genes e análise de proteínas. Porque a Bioinformática e Microbiologia estão a evoluir rapidamente, a UC é organizada de uma forma a que o conteúdo e os currículos possam ser adaptados a novas aplicações ou desenvolvimentos emergentes na área.
Metodologias de ensino
Além de um conjunto de 9 horas de palestras, a UC será baseada em exercícios práticos, através dos quais os estudantes terão oportunidade de praticar o uso de software convencional, aplicações web entre outros. Todas as aulas serão ministradas em salas com computadores. Os tutoriais serão uma oportunidade para desenvolver a autonomia na utilização de tais ferramentas, analisando situações de pesquisa ou de aplicações específicas. Todo o curso será suportado por estudos de caso e a análise de dados será sempre que necessário e adequado, contextualizada no seu significado biológico.
Conteúdos
Visão geral dos diferentes níveis de informação na comunidade, população e célula ou sub-celular (T);
Princípios e aplicações de técnicas de alto rendimento para análise de ácidos nucleicos e proteínas (por exemplo, sequenciação de próxima geração: Illumina, Ion Torrent, PacBio), análise de dados: montagem de genomas, previsão ORF, anotação gene, de detecção de variantes, RNASeq, metagenómica); MALDI / TOF de espectrometria de massa) (T)
Casos de estudos com base em publicações científicas, de diferentes abordagens e aplicações (T)
Bases de dados públicas (por exemplo, genomas, metagenomes e proteínas) (TP)
Aplicações básicas e procedimentos para análise metagenomas, montagem e anotação do genoma, genómica comparativa, análise de filogenia, a previsão da estrutura da proteína (TP)
Exercícios práticos envolvendo os bancos de dados e aplicações já discutidas (TP)
Tutorial - um estudo de caso com base em dados disponíveis em bases de dados públicas ou na ESB (OT).
