Doutorada em Biologia, Mestre em Toxicologia e Licenciada em Biologia pela Universidade de Aveiro. Sofia Pereira é investigadora no Centro de Biotecnologia e Química Fina e regente da disciplina de Micologia da Licenciatura em Microbiologia.
Os seus interesses científicos centram-se no desenvolvimento de formulações de bioinóculos para aumentar o crescimento e resiliência de culturas sob condições de stress, assim como na utilização de estratégias de fitoremediação e fitogestão para a recuperação de áreas ambientalmente degradadas. Está envolvida em vários projetos nacionais e internacionais assim como na orientação de alunos de diferentes níveis académicos. Atualmente é editora associada da revista Frontiers in Plant Science (secção Plant Symbiotic Interations) e editora convidada de várias edições especiais.