João Cruz Fernandes licenciou-se em Microbiologia pela Escola Superior de Biotecnologia da Universidade Católica Portuguesa em 2005. Obteve o grau de Doutor em Biotecnologia, com especialização em Engenharia Bioquímica, numa parceria entre a UCP-ESB e a Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto, em 2010. Realizou pós-doutoramento na Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra, na área de imunologia e biologia molecular.
Ao longo do seu percurso, tem desenvolvido uma carreira fortemente orientada para a I&D industrial, inovação translacional e desenvolvimento de biomoléculas com aplicação em dermocosmética, farmacêutica e biotecnologia aplicada. Entre 2013 e 2015, integrou a equipa da FairJourney Biologics, empresa especializada na descoberta de anticorpos terapêuticos, onde participou no desenvolvimento de soluções baseadas em imunoglobulinas, fragmentos de imunoglobulinas e nanobodies para a indústria farmacêutica internacional, contribuindo igualmente para o desenho, desenvolvimento e financiamento de novos projetos de I&D. Posteriormente, exerceu funções de project leader no William Harvey Research Institute, liderando programas de descoberta de anticorpos terapêuticos para a Janssen e a AbbVie em indicações oncológicas e autoimunes.
Em 2017, regressou à UCP-ESB como Investigador Sénior no CBQF, onde assumiu a liderança do Biomolecules Innovation Lab e a direção de I&D da Amyris Portugal, subsidiária da Amyris Biotechnologies Inc. (EUA). Neste contexto, coordenou equipas e programas de desenvolvimento científico e tecnológico orientados para ingredientes, formulações e produtos inovadores nas áreas da dermocosmética, farmacêutica e biotecnologia aplicada. O seu trabalho incluiu o desenvolvimento de formulações para marcas próprias da Amyris, bem como parcerias estratégicas de I&D com líderes globais em diferentes setores, desde skin e haircare até aplicações farmacêuticas e de defesa.
A sua atividade centra-se na ligação entre investigação científica, desenvolvimento tecnológico e valorização industrial, com particular enfoque no desenho, desenvolvimento e valorização de biomoléculas, ingredientes bioativos e formulações funcionais para as áreas de skin e haircare, bem como de soluções inovadoras para aplicações terapêuticas e biomédicas. É coautor de mais de 100 publicações em revistas internacionais arbitradas, com um h-index de 56 e mais de 94 000 citações, incluindo contribuições em Nature Medicine, The Lancet e The New England Journal of Medicine. Desde 2019, integra consecutivamente a lista Stanford University/Elsevier World’s Top 2% Scientists. Os seus identificadores académicos são: ORCID 0000-0003-1556-1698 e Scopus Author ID 35274726800.